Da sich Bischof Dom Pedro 1091 das Pallium (eine Art Stola, wird über dem Messgewand getragen, gewöhnlich sind sechs schwarze Kreuze eingestickt) vom Gegenpapst Clemens 3. verleihen ließ, büßte der ehemalige Hauptort Braga weiter an Bedeutung ein. Bischof Dom Pedro wurde abgesetzt und ins Kloster verbannt.