1604 gab Kurfürst JohannAn der Westecke schloß der Bau an die alte Stadtmauer an. Schweikhard von Kronburg den Bau des Schlosses in Auftrag. Der Architekt ließ die Überreste der alten Burg abreißen, lediglich der große gotische Bergfried wurde als 5. Turm in den Nordwestflügel mit einbezogen. An der Westecke schloß der Bau an die alte Stadtmauer an. Der Name des Schlosses hat einen doppelten Bezug: einerseits zum Schutzpatron Johannes der Täufer, andererseits zum Bauherrn.

Johannes Schweikhard ließ zur Einweihung des Schlosses 1614, dem 10. Jahrestag seiner seiner Wahl zum Kurfürsten Münzen prägen, die auf der einen Seite das Schloß, auf der anderen sein Wappen trugen.

Einer Anekdote zufolge übergab der Kapuzinerpater Bernhard von Trier die Schlüssel der Stadt an den schwedischen König Gustav Adolf 1631. Der König meinte, er fände es schade, das erst wenige Jahre zuvor fertiggestellte Schloß niederbrennen zu müssen, da er es nicht mit nach Schweden nehmen könne. Der Kapuziner meinte, das könne er durchaus, er müsse es einfach dorthin rollen. Fragend runzelte Gustav Adolf die Stirn und der Pater verwies auf die über jedem der zahlreichen Fenster des 1. OG eingemeißelten Räder, die auf das Mainzer Wappen Bezug nehmen. Der König bekam daraufhin einen Lachanfall und verzichtete auf die Zerstörung.