König Joao 2. war mitten in den Bauarbeiten zur Hauptkirche unzufrieden mit den Dimensionen der Kirche und so ließ er die Fundamente der Hauptkapelle erneuern, um die Fläche zu vergrößern. Nach seinem Tod hat Manuel 1. das Patronat übernommen und ließ das Dach ausbauen. Kirchen in der damaligen Zeit hatten lediglich hölzerne Dächer auf der Hauptkapellen. Manuel 1. wollte aber für die Ewigkeit bauen und verlangte ein Steindach. Daher erforderte die Entscheidung Notlösungen, zumal die Bauarbeiten erst halb fertig waren und die Strebepfeiler mußten angepaßt werden, damit sie das Gewicht eines Gewölbes tragen konnten. Zusätzlich zu den konstruktiven Lösungen im Inneren der Kirche wurden im Norden Strebepfeiler gebaut, um das Gewicht zu tragen.