Der Bau des Konvents begann 1490 auf Initiative von Justa Rodrigues Pereira, mit dem Namen Jesus als sein Patron. Sie hieß Nonnen vom Orden der Klarissen willkommen, der weibliche Ableger des Ordens Franz von Assisi. Die Gründerin war die Amme von König Manuel 1. von Portugal. Sie kaufte das Marschland von der Bruderschaft von unserer lieben Frau um 1488. Der Konvent empfing eine Spende von azusätzlichem Land, so daß das Areal des Kirchhofs um das Areal des Konvents erweitert werden konnte. 1489 erhielt Justa Rodrigues Pereira die Erlaubnis des Papstes Innocent 8. und König Joao 2. von Portugal, der erste Patron der Arbeit, das Konvent zu bauen.