Der Hochaltar, der optisches und spirituelles Zentrum der Kathedrale ist, wurde aufs prächtigste verziert und ist das Sinnbild für die Auferstehung des Apostels Paulus. Um die Bedeutung der Grabstätte zu betonen, wurde der Hochaltar 1658 umgebaut und von der spanischen Krone finanziell unterstützt. Die Deko des Hochaltar dient in erster Linie der Erhöhung des Apostel, der in der Altarkapelle und an dem Baldachin als Pilger, Schutzpatron von Spanien und Soldat Jesu dargestellt wird.